En etkili korunma yöntemi cinsel ilişkiden kaçınmaktır.
Örneğin rahibeler üzerinde yapılan bir araştırmada hiç bir rahibenin rahim ağzı kanseri veya siğil olmadığı ve HPV bulundurmadığı saptanmıştır. Cinsel ilişkide bulunulan partner sayısını kısıtlamak ve partnerin de geçmişte başka partnerlerinin olmaması bulaşma riskini azaltır. Cinsel ilişki ile bulaşabildiğinden partnerde virüs bulunması gerekir. Partner sayısı fazla ise bunlardan en az birinde virüs olma olasılığı daha da artar. Bu yüzden çok eşlilerde HPV bulaşma riski de fazladır. Diğer yandan partnerin daha önce veya hala birlikte olduğu kişi sayısı fazla ise bu da onun HPV bulundurma ve bulaştırma riskini artıracaktır.
Cinsel ilişki sırasında kondom (prezervatif) kullanılması bulaşma olasılığını azaltsa da tam olarak ortadan kaldırmaz. Aslında erkeklerde HPV’nin yerleşme yeri, daha çok kondomun kapladığı alanlardadır. Ancak diğer alanlarda da virüs bulunabilir. Prezervatifin kapatmadığı cilt alanlarından bulaşma meydana gelebilir.
Aslında en etkili korunma yöntemi rahim ağzı kanseri aşılarıdır.
